10x Visium空间转录组已经陪伴我们3年多的时间了。很多读者也都在关注着技术的更新。22年末，10X发布了新鲜样本空间转录组解决方案的V2版本，但新鲜样本的V2版本是V1版本的升级吗？二者有什么异同点？两个版本间该如何选择？在本文中都会找到答案。
01
技术原理是否相同？
不，并不同。我们都知道10X Genomics 在19年推出第一版空间转录组解决方案时，应用的技术是利用芯片上带有Spatial barcode的探针去捕获样本中释放的mRNA，构建文库后再通过测序，能够获得基因表达信息的同时，也能获得基因表达的位置信息。
但新鲜样本V2版本与V1版本的基本原理完全不同，V2版本设计了RNA模板连接 (RTL) 探针集，具有高敏感性和特异性，且探针集覆盖了人和小鼠超过18000个基因，且90%以上基因设计了3个探针对，实验利用探针杂交方式，获取组织中基因信息。将组织中mRNA酶解后进行组织透化从而释放DNA探针与基因表达芯片上的探针杂交，构建文库后再通过测序，获得基因表达信息。
图 10X Genomics Visium探针杂交工作原理
02
V1与V2版本有何异同点？
V2版本与V1版本相比，其质检标准降低了较多，且无需前期透化实验。
图 10X Genomics Visium探针杂交工作原理
03
V1与V2版本可上机的样本类型有哪些？
图 10X Genomics Visium新鲜样本可上机的样本类型
04
V1与V2版本如何选择？
▪ 人或小鼠样本，可选择V1或V2，但其他样本类型只能选择V1版本。
▪ 因V2版本为固定基因探针，所以，如果想检测更多基因信息，那么需要选择V1版本。
05
10X Genomics Visium项目经验
图 FF空间转录组已完成实验的样本类型
