一、动物种类的选择
制作骨缺损模型的常用动物有小鼠，大鼠，兔，犬等。理论上是选择越大型动物越好，例如犬、猪等，一方面是由于大型动物的愈合机制与人比较相似，另一方面大型动物手术比较好操作。但是大型动物的成本较高，自我恢复能力也较弱，所以大型动物并不常见。小鼠由于价格低廉，来源广泛，修复速度快比较有优势，但是小鼠过于瘦小，操作不便。所以综合考虑，大鼠和兔子是该模型比较适合的动物种类。
二、动物年龄的选择
动物年龄的选择会影响实验的科学性，动物年龄过小，生长发育比较旺盛，会影响骨移植材料的结果说明，并且由于骨骼强度不够，骨移植材料不牢固，影响操作。如果年龄过大，修复能力太低，也会影响实验的科学性，因此一般选择2到3个月的大鼠进行实验，6到10个月的兔子作为模型实验。
三、骨缺损部位的选择
骨缺损的种类很多，部位也不同。骨缺损部位可以分为负重部位缺损和不负重部位缺损，上肢为不负重部位缺损，下肢为负重部位缺损。一般常用兔或鼠的股骨远端来模拟负重部位的骨缺损，这些部位为单骨，缺损后需要植入材料进行固定。
四、骨缺损长度的选择
骨缺损长度的选择对于该模型的研究也尤为重要，如果骨缺损长度不够，动物可自行愈合，这样就没有了研究必要。只有骨缺损长度达到不可自行愈合条件下，骨组织修复工程才有比较好的研究意义。临界骨缺损长度（CSD）即为超出骨自行修复最大能力的缺损长度，按照标准，缺损值达到骨直径的1.5-2.0倍即可认为是骨缺损临界值。
五、模型研究手段
骨缺损模型研究后可通过microCT 扫描来观察骨缺损部位的愈合情况，以及材料植入后对骨缺损部位的修复能力。进行microCT扫描后，也可以进行HE染色，观察骨缺损部位细胞的修复情况。
缺损模型HE染色结果图例