多杀性巴氏杆菌可根据菌体抗原(O抗原)、热浸出菌体抗原、荚膜抗原三种方法进行分型：
1、菌体抗原分型
用凝集反应对多杀性巴氏杆菌的菌体抗原(O抗原)分类，可分为12个血清型，但该分型方法经常会出现交叉反应和自家凝集，没能广泛应用。
2、热浸出菌体抗原分型
用琼脂扩散试验对热浸出菌体抗原分类，可将多杀性巴氏杆菌分为16个（1-16）血清型。猪多杀性巴氏杆菌分离株以1型、2, 5型为主。美国和加拿大等主要来源于火鸡禽霍乱的血清型为1型、3型、4型，国内禽多杀性巴氏杆菌分离株以1型为主，其次还有1, 3型、1, 14型、3, 4型、14型等。
3、荚膜抗原分型
多杀性巴氏杆菌分为A、B、D、E和F五个荚膜血清型，此外C型为猫和犬的正常栖居群。产毒素多杀性巴氏杆菌为A型和D型。早期的研究将特定的荚膜型与特定的宿主疾病及地理位置联系在一起，但随着研究的深入，这种模式越来越不可靠。 B型菌株通常引起亚洲牛和水牛出血性败血症，E型菌株只在非洲患出血性败血症牛分离到，但近年研究发现，无论在非洲还是世界其他地区，E型菌株都很少分离到。现在非洲牛流行的出血性败血症也以B型为主。禽类主要以A型为主，但在火鸡上分离到F型。B、D型也在家禽上分离到，但不致病或症状轻微。引起猪进行性萎缩性鼻炎的主要是产毒素的D型，引起猪肺疫的主要是A型，引起牛出血性败血症主要为B型。