日本沼虾 (Macrobrachium nipponense)是一种重要的商业水产养殖生物,对缺氧环境极为敏感。microRNAs（miRNAs）是一种非编码小RNAs，调控转录后基因表达,在应对缺氧环境中发挥重要作用。截至目前还没有日本沼虾miRNAs方面的研究报道。
研究内容
中国水产科学研究院傅洪拓和戈贤平领衔的课题组运用小RNA测序，对日本沼虾在常氧和缺氧条件下miRNA组进行了系统分析，相关研究成果发表在CBP上，孙盛明博士是本文章的第一作者。
研究结果
课题组对常氧和缺氧条件下日本沼虾四个组织（鳃、肝胰腺、肌肉、血细胞）混合物构建小RNA文库，测序共获得9,227,356条读数。其中4,293,155条与267个miRNAs有关，包括203个保守miRNAs，64个河虾特有miRNAs；此外，对miRNAs的长度分布和末端变化做了分析；受miRNA调控的靶基因参与大量生物过程和信号转导路径；使用miRNA微阵列分析，从四个混合虾组织中鉴定出880个共表达miRNAs，39个特异表达miRNAs，其中25个常氧条件下特异表达，14个缺氧条件下特异表达；定量结果显示，常氧和缺氧条件下8个miRNAs表达模式与测序数据保持良好的一致性。
图 常氧和缺氧24h时miRNAs的表达
研究意义
本项研究首次提供了大规模鉴定和描述日本沼虾miRNA及其潜在靶基因的数据库,并为进一步描述它们在缺氧过程多样性中的作用奠定基础。
用户文章
Sun SM,et al.(2016)Identification and comparative analysis of the oriental river prawn (Macrobrachium nipponense) microRNA expression profile during hypoxia using a deep sequencing approach.Comparative Biochemistry and Physiology,Part D(CBP)17:41-7. doi: 10.1016/j.cbd.2016.01.003.
本文的小RNA测序和定制化miRNA芯片分析均由联川生物协助完成
