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活动倒计时 | 单细胞Flex年中巨惠来袭

作者:上海伯豪生物技术有限公司 2024-08-06T00:00 (访问量:17086)

 

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Flex应用样本

 

 

•  FFPE样本,医院病理科大量存档样本,进行回顾性研究。

•  某些传染类疾病样本,由于运输和实验条件限制不便于取新鲜样本,可固定后送样检测。(附:细胞/核固定操作流程)

•  准确获取样本瞬时基因表达谱“微量”变化,实验处理/药物治疗的不同时间及不同发育时间组等。新鲜组织解离过程容易诱导应激基因的表达,或随着处理时间的延长而导致转录表达谱发生变化,引起细胞转录模式发生“人为改变”。尤其对于一些解离时间较长和基因表达变化迅速的组织。

•  与FFPE空间转录组联合,极大开拓了FFPE样本的利用空间。

•  某些新鲜或冰冻样本质检结果差,无法满足常规实验要求的样本。

 

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Flex亮点

 

 

• 探针捕获更灵敏,分析数千个至数十万个细胞或细胞核的基因表达,捕获人类或小鼠全转录组,可检测低表达基因。

• 兼容不同样本类型,将单细胞分析扩展到临床试验或其他转化研究所使用的FFPE组织并附带针对不同样本类型而优化的示范方案,包括细胞系、原代细胞以及含有脆弱细胞的解离组织。

• 锁定细胞瞬时状态,准确获取样本瞬时基因表达谱“微量”变化。

• 细胞捕获率高达65% ,多细胞(multiplets)比例低,每1,000个细胞仅为0.8%,满负荷上样时每个样本的多细胞比例不超过8%。

• 减少批次效应,在不折损数据质量的情况下保存样本,实现在同一次运行中批量分析样本,并最大限度减少实验可变性。

 

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送样建议

 

 

• 优先寄送蜡块,要求被包埋组织体积>0.5cm3,蜡块密封后4度避光保存和运输。如不方便提供蜡块,可切石蜡卷寄送。

• 石蜡卷要求:25μm或50μm厚度石蜡切片3卷以上,蜡卷被包埋组织横截面积>0.3cm2,现切现用(4度最多保存一周),厚度不可小于25μm,石蜡卷置于1.5ml EP管内,密封后4度避光保存和运输,保证石蜡卷完整不破碎。石蜡卷如破碎较为严重,说明样本脆性较大,会影响样本质量。注:某些组织类型由于同等体积下细胞数量较少,可能需要提供更多蜡卷,例如穿刺样本、脂肪组织、肺癌、心肌等。

• FFPE保存年限:无明确年限要求,10X已测试1-11年FFPE,已有文献表明相对于保存时间,固定时间对RNA质量影响更大(Trinks A,2024)。

• 石蜡样本后续需经过DV200质控,DV200≥30%的样本继续进行细胞核解离操作,细胞核产量需≥30万,背景干净杂质少,核膜完整度>80%,结团率<10%;合格样本,可继续进行后续单细胞测序实验。

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