细胞凋亡是动物发育过程中的必经之路：
正常人；正常组织中要使细胞内之新生与维持平衡（皮肤表皮细胞的更替）
已知的例子：从蝌蚪到蛙的变态发育；昆虫的蜕变
高等哺乳动物指间蹼的消失；
眼睛中玻璃体和晶状体的细胞死亡，是眼睛对光通透重要的一步。
自然杀手细胞（NK）对癌细胞的非专一性胞杀作用
在人体胚胎发育中，四肢的发育也是一个很好的例子。胚胎长到第5周时出现扁盘状的肢体萌芽，手指和脚趾之间的蹼消失，四肢才能顺利形成其zui终形态。
就是在成熟的个体中，细胞凋亡也是必不可少的：
细胞数目和组织大小的控制
组织的更新（如鼻的嗅表皮）。
免疫系统对丧失功能的或是有潜在危险的细胞进行选择和清除。
清除坏变的细胞
赋予中枢神经系统可塑性。研究人员尝试在胚胎期激活小鼠的bcl-2基因。该基因会阻止神经细胞的细胞凋亡过程。出生的小鼠脑部神经元数量因此比正常的小鼠多，容积变大。但在测试中显得比正常小鼠迟钝。
对生殖细胞进行选择（大约95%的生殖细胞会在其成熟之前通过细胞凋亡被清除）
目前在细胞凋亡与癌症发生和各种自体免疫性疾病之间的关系有着很多研究。人们希望激发癌细胞的细胞凋亡，以达到消弭癌症的目的。另有为了维持人类大脑的体积，使细胞凋亡的基因在人类身上受到了抑制的说法[1][2]。
细胞凋亡在神经退化性疾病中所扮演的角色（如阿兹海默氏症（失智症的类型之一）、亨丁顿舞蹈症（Huntington's disease）、帕金森病（Parkinson's Disease）、肌肉萎缩性侧索硬化症（ALS），是目前热门的研究话题，人们在这个领域也进行着很多研究。